Pour accomplir sa mission, la commission d'enquête dispose du bureau enquêtes-accidents de l'inspection générale de l'aviation civile et de la météorologie.
Pendant les phases d'acquisition des renseignements de base et d'élaboration du scénario de l'accident, le B.E.A. met en place des groupes de travail, selon les orientations de la commission d'enquête et sous son contrôle. Ces groupes sont composés d'experts de l'administration, de la compagnie aérienne, des constructeurs et des professions concernées.
Un enquêteur, désigné par le chef du B.E.A., est le rapporteur de la commission d'enquête. A ce titre, il participe à toutes les réunions de la commission.