Un conseil commun des laboratoires, instance consultative, est placé auprès des deux directeurs généraux qui le coprésident. Ils peuvent se faire représenter.

Ce conseil comprend :

le chef du service commun des laboratoires ;

l'adjoint au chef du service commun des laboratoires ;

le responsable de chacun des établissements composant le service ;

des représentants de l'administration centrale et des services déconcentrés appartenant de façon paritaire aux deux directions générales ;

des personnalités qualifiées désignées conjointement par les deux directeurs généraux.

Il se réunit au moins deux fois par an à la demande conjointe des deux directeurs généraux sur la base d'un ordre du jour qu'ils déterminent et qui porte en particulier sur les orientations scientifiques du service commun des laboratoires.