Le Comité national de réflexion et de propositions sur la laïcité à l'école est présidé conjointement par le doyen de l'inspection générale de l'éducation nationale et le chef du service de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche ou leur représentant.
Outre ses présidents, le comité comprend dix-neuf membres, nommés par arrêté du ministre de l'éducation nationale, pour une durée de trois ans renouvelable, parmi des personnalités choisies pour leurs compétences dans le champ d'attribution du comité.