Lorsqu'un agrément de sécurité est délivré, il peut subsister des préoccupations résiduelles, c'est-à-dire des problèmes mineurs, mis en évidence au cours de l'évaluation de la demande d'agrément de sécurité, qui n'empêchent pas sa délivrance et dont la résolution peut être différée.
L'agrément de sécurité est modifié à la requête du demandeur une fois que toutes les préoccupations résiduelles ont été résolues.
L'Etablissement public de sécurité ferroviaire peut solder les préoccupations résiduelles lors de la modification et du renouvellement de l'agrément de sécurité du demandeur.