Le conseil scientifique comprend, outre son président, les membres suivants :

• un conservateur du patrimoine (spécialité Musées) ;
• un représentant du personnel scientifique du musée de la musique élu par ses pairs ;
• trois interprètes, dont deux au moins enseignants des conservatoires nationaux supérieurs de musique et de danse ;
• deux facteurs d'instruments ou organologues ;
• un musicologue ;
• deux personnalités choisies en raison de leur compétence scientifique et musicale ;
• un membre de l'inspection générale des musées de France ;
• un inspecteur général de la création et des enseignements artistiques (spécialité Musique).