Le secrétariat permanent est chargé de rassembler l'information relative aux opérations d'armement et d'infrastructure opérationnelle puis d'en élaborer une synthèse validée par l'ensemble des organismes concernés.
Il alerte le collège exécutif des systèmes de forces en cas de difficulté liée au déroulement des opérations d'armement et d'infrastructure opérationnelle.
Il assure ou suit l'instruction des dossiers demandée par le conseil ou le collège exécutif et prépare les décisions d'arbitrage dont il vérifie la mise en oeuvre.
Il prend en charge la préparation et le secrétariat des réunions du conseil des systèmes de forces et du collège exécutif.
Il correspond avec les états-majors et directions du ministère et participe en tant que de besoin aux réunions interarmées relatives aux opérations d'armement.