Les neuf sections du CTHS sont :

1. La section de préhistoire et de protohistoire ;

2. La section d'histoire et d'archéologie des civilisations antiques ;

3. La section d'histoire et de philologie des civilisations médiévales ;

4. La section d'archéologie et d'histoire de l'art des civilisations médiévales et modernes ;

5. La section d'histoire du monde moderne, de la Révolution française et des révolutions ;

6. La section d'histoire contemporaine et du temps présent ;

7. La section d'anthropologie sociale, d'ethnologie et des langues régionales ;

8. La section des sciences, d'histoire des sciences et des techniques et de l'archéologie industrielle ;

9. La section des sciences géographiques et de l'environnement.