Le CTHS organise chaque année le congrès national des sociétés savantes placé sous le patronage du ministre chargé de l'enseignement supérieur. La réalisation de chaque congrès est confiée par la commission centrale à une commission particulière chargée de sa préparation, de sa tenue et de la publication de ses résultats.

Le lieu, la date et l'organisation du congrès sont fixés par la commission centrale au moins deux ans à l'avance après consultation des sociétés savantes et des personnalités scientifiques de la région envisagée pour sa tenue.

Chaque section exerce à tour de rôle la présidence du congrès et de la commission ad hoc. Le président de la section est nommé président scientifique du congrès.