La mission ministérielle d'audit interne est dirigée par un responsable ministériel de l'audit interne, inspecteur général de l'administration, avec le concours de deux membres de l'inspection générale de l'administration, d'un membre de l'inspection générale de la police nationale, d'un membre de l'inspection générale de la gendarmerie nationale, d'un membre de l'inspection générale de la sécurité intérieure et d'un membre de l'inspection de la défense et de la sécurité civile. Chacun d'eux est proposé par son chef de service et nommé par arrêté ministériel.

Les membres de la mission ministérielle d'audit demeurent rattachés à leurs inspections. Ils participent au comité ministériel d'audit interne. Leurs fonctions ne sont pas exclusives d'autres missions qui pourraient leur être confiées par leurs inspections.