Pour toute substance toxique ou cancérigène, notamment l'ammoniac, et produite ou utilisée à plus de 10 tonnes par an, l'exploitant adresse au préfet au plus tard le 31 mai de l'année suivante un bilan annuel des rejets, chroniques ou accidentels, dans l'air, l'eau et les sols, quel qu'en soit le cheminement, ainsi que dans les déchets éliminés à l'extérieur de l'installation classée autorisée.

Un bilan des émissions des gaz à effet de serre émis par l'installation classée autorisée et non visés par l'article 46 du présent arrêté est établi annuellement et transmis au préfet dès lors que les émissions annuelles dépassent les valeurs suivantes :

Dioxyde de carbone (CO₂) : 10 000 tonnes ;

Méthane (CH₄) : 80 tonnes ;

Oxyde nitreux (N₂O) : 8 tonnes ;

CFC et HCFC : 0,5 kilogramme.