L'autorité chargée du contrôle général économique et financier sur chacun de ces organismes, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'organisme. Elle contribue notamment à l'analyse de la performance et, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers et économiques, directs ou indirects, auxquels l'organisme est susceptible d'être confronté, en veillant aux intérêts patrimoniaux et financiers de l'Etat.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec les services d'audit de l'organisme, les circuits et procédures mis en place et leur efficacité.