L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance de l'établissement.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.