En dehors des zones de surveillance et de protection, les déplacements entre exploitations d'élevage sont soumis à autorisation du directeur des services vétérinaires. Au cours du transport, les animaux n'entrent pas en contact avec des animaux appartenant à une exploitation autre que l'exploitation de départ.
Dans la zone de surveillance, le directeur des services vétérinaires peut autoriser certains transports exceptionnels d'animaux des espèces bovine, ovine, caprine, porcine et autres bi-ongulés selon les conditions fixées par instruction du ministère de l'agriculture et de la pêche.