Les épreuves anonymes de connaissances théoriques et pratiques sont organisées par le préfet de la région responsable de l'organisation des épreuves et, par délégation, par le directeur régional des affaires sanitaires et sociales qui se fait assister du médecin inspecteur régional de la santé ou, pour la pharmacie, par le pharmacien inspecteur de la santé.
Les épreuves de biologie sont organisées à Poitiers.
Les épreuves de médecine, de radiologie et imagerie médicale sont organisées à Strasbourg.
Les épreuves de chirurgie sont organisées à Toulouse.
Les épreuves d'odontologie sont organisées à Paris.
Les épreuves de pharmacie sont organisées à Dijon.
Les épreuves de psychiatrie sont organisées à Orléans.
L'organisation matérielle des épreuves, la convocation des candidats, les corrections et la saisie des résultats anonymes sont assurés par le directeur régional des affaires sanitaires et sociales concerné.
L'anonymat est garanti au moyen d'une grille de concordance informatisée.
A l'issue de la correction des épreuves anonymes de connaissances théoriques et pratiques, il est procédé à la levée de l'anonymat à l'aide d'une procédure informatisée. Les notes obtenues à ces épreuves par les candidats ne sont remises au président de chaque jury qu'au moment de la séance plénière de délibération.