Pour l'accomplissement de ses missions, ce service est constitué des unités suivantes :
― unité éducative de milieu ouvert sise 160, rue Georges-Trouillot, 39000 Lons-le-Saunier ;
― unité éducative de milieu ouvert sise 1, rue du Prélot, 39100 Dole ;
― unité éducative de milieu ouvert sise 44, rue du Pré, 39200 Saint-Claude.