Liste des sites Natura 2000 désignés comme zones spéciales de conservation et zones de protection spéciale mentionnées en application de l'article L. 414-1 et inclus dans le périmètre d'intervention de l'établissement :

	NOM DU SITE	NUMÉRO	DÉPARTEMENTS
1	Marais poitevin	ZPS FR 5410100	17 ― 79 ― 85
		ZSC FR 5400446	17 ― 79
		SIC	85
2	Vallée de l'Autize	SIC FR 5400443	79
3	Vallée du Magnerolles	ZSC FR 5400444	79
4	Chaumes d'Avon	ZSC FR 5400445	79
5	Plaines de Niort Nord-Ouest	ZPS FR 5412013	79 ― 85
6	Citerne de Saint-Ouenne	SIC FR 5402011	79
7	Cavités à chiroptères de Saint-Michel-le-Cloucq et Pissotte	SIC FR 5202002	85
8	Forêt de Mervent ― Vouvant et ses abords	SIC FR 5200658	85
9	Plaine calcaire du Sud Vendée	ZPS FR 5212011	85