Le contrôleur exerce une mission générale de contrôle de la gestion budgétaire et financière de l'établissement.
Il contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques budgétaires et financiers directs ou indirects auxquels l'établissement peut être exposé. Il en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés. Dans ce cadre, il vérifie le caractère sincère des prévisions de dépenses et de recettes et veille au respect des plafonds limitatifs de crédits et d'équivalents temps plein ouverts au budget de l'établissement.
Il établit un rapport annuel sur la gestion budgétaire et financière de l'établissement qu'il transmet au ministre chargé du budget et aux ministres intéressés, ainsi qu'à l'ordonnateur.