Le règlement intérieur fixe la composition du comité, la détermination de l'ordre du jour relatif aux projets mentionnés à l'article 1er et les questions citées à l'article 2 et les modalités de fonctionnement du comité.
Le règlement intérieur est arrêté par le président, en accord avec le vice-président et en concertation avec les instances nationales des fédérations représentatives de l'aviation générale et de l'aviation légère et sportive ainsi que du travail aérien.

Le comité est réuni à l'initiative de son président en tant que de besoin et systématiquement quatre semaines au minimum avant chaque réunion du comité régional de gestion de l'espace aérien chargé d'approuver les projets mentionnés à l'article 1er.
Les participants doivent avoir connaissance de l'ordre du jour et avoir reçu la documentation correspondante dix jours ouvrables avant la réunion du CCRAGALS.
Le comité vérifie que la concertation sur les projets mentionnés à l'article 1er a été conduite au niveau régional selon des modalités et des préavis permettant aux usagers concernés de s'exprimer valablement.

Le secrétariat du comité est assuré par la direction de l'aviation civile.
Le secrétariat rédige et diffuse, par l'intermédiaire du président du comité, les comptes rendus des réunions du comité, les avis relatifs aux projets mentionnés à l'article 1er, ainsi que les informations que le comité souhaite porter à la connaissance des autorités nationales ou régionales sur les questions mentionnées à l'article 2.

Pour les projets mentionnés à l'article 1er, la demande d'approbation de publication transmise au directoire de l'espace aérien par le comité régional de gestion de l'espace aérien contient l'avis émis par le comité consultatif régional de l'aviation générale et de l'aviation légère et sportive.