Le contrôle administratif de l'entente interrégionale est exercé, dans les conditions prévues par la loi n° 82-213 du 2 mars 1982 relative aux droits et libertés des communes, des départements et des régions, par le représentant de l'Etat dans la région où est fixé son siège.

Le représentant de l'Etat met en oeuvre les procédures de contrôle budgétaire prévues par le chapitre II du titre Ier de cette même loi.

La chambre régionale des comptes, compétente à l'égard de l'entente interrégionale, est celle qui est compétente à l'égard de la région dans laquelle elle a son siège.