Le directeur est choisi dans l'une des catégories de personnels, fonctionnaires ou non, qui ont vocation à enseigner dans l'institut ou l'école, sans considération de nationalité. Il est nommé pour une durée de cinq ans renouvelable une fois, sur proposition du conseil d'administration, par arrêté du ministre de l'éducation nationale ou par décret si l'établissement relève de plusieurs départements ministériels.

Il est assisté d'un comité de direction composé des directeurs de département ou, à défaut, des responsables des études.

Il assure, dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration, la direction et la gestion de l'établissement. Il assiste aux réunions du conseil et lui rend compte de sa gestion. Il dispose des prérogatives qui sont celles du président de l'université, sous réserve de la présidence du conseil d'administration.