Les conditions dans lesquelles s'effectuent les transports susvisés sont déterminées d'un commun accord entre le ministre utilisateur et l'armateur intéressé, après avis du ministre chargé de la marine marchande.
Cet accord règle, le cas échéant, le remboursement des frais supplémentaires spécialement et raisonnablement engagés par l'armateur pour mettre le ou les navires à la disposition du ministre utilisateur à la date et au lieu prescrits.
L'accord précise dans quelles conditions l'utilisation du navire pendant un transport d'intérêt national peut être soumise à des instructions du ministre utilisateur dérogeant aux règles normales d'exploitation et, pour les besoins de la défense nationale, aux conditions applicables en matière de nationalité des équipages.
Ces instructions dérogatoires sont notifiées à l'armateur.
Le capitaine et les membres de son équipage ne peuvent faire l'objet de poursuites disciplinaires du fait de l'exécution de ces instructions.