Les crédits nécessaires à l'accomplissement de la mission du Défenseur des enfants sont inscrits au programme intitulé "Conduite et soutien des politiques sanitaires et sociales". Les dispositions de la loi du 10 août 1922 relatives au contrôle financier ne sont pas applicables à leur gestion.
Le Défenseur des enfants présente ses comptes au contrôle de la Cour des comptes.