Aussi les pouvoirs publics ont-ils tenté, en 2003, de mettre en place des mécanismes de coordination entre la région et le département pour l'exercice de compétences partagées. C'est la notion de collectivité chef de file qui a été reprise à cette fin. Elle figure au cinquième alinéa de l'article 72 de la Constitution dans sa rédaction issue de la loi constitutionnelle du 28 mars 2003, qui dispose : " Aucune collectivité territoriale ne peut exercer une tutelle sur une autre. Cependant, lorsque l'exercice d'une compétence nécessite le concours de plusieurs collectivités territoriales, la loi peut autoriser l'une d'entre elles ou un de leurs groupements à organiser les modalités de leur action commune. "
Le Comité a cependant relevé que la mise en œuvre pratique de cette disposition est demeurée timide. En effet, la loi n° 2004-809 du 13 août 2004 relative aux libertés et responsabilités locales n'en a prévu l'application que dans deux domaines : le développement économique au profit de la région, l'action sociale en faveur du département. Encore faut-il observer que le cas de l'aide aux entreprises, qui relève du développement économique, illustre les faiblesses de ce dispositif, puisque le législateur n'a pas entendu donner à la région le moindre pouvoir de contrainte juridique mais l'a, au contraire, cantonnée à un rôle d'incitation et d'impulsion, d'où il résulte que les changements apportés aux pratiques antérieures sont, faute de modalités pratiques d'exécution, des plus modestes, ainsi que la Cour des comptes l'a noté dans son rapport du 28 novembre 2007 sur les aides des collectivités territoriales au développement économique.
Plusieurs options ont d'ores et déjà été soumises aux pouvoirs publics pour franchir une étape dans la voie d'une redéfinition des rapports entre la région et le département.
S'il fallait en faire la synthèse, on pourrait avancer qu'une première catégorie de scénarios tend à mieux organiser la gestion des compétences partagées entre la région et le département, voire à supprimer les cas de partage des compétences. Elles conduisent ainsi à aménager l'interdiction de l'exercice de la tutelle d'une collectivité locale sur une autre en donnant corps à la notion de collectivité chef de file plus que ne l'a fait la loi du 13 août 2004, dont on peut penser qu'elle n'a pas exploité toutes les marges de manœuvre offertes par la révision constitutionnelle du 28 mars 2003. Certains envisagent de donner à la région un pouvoir normatif, les documents de planification qu'elle élabore ayant, dans cette hypothèse, un caractère prescriptif pour les collectivités subordonnées. Mais le Comité a relevé que, par sa décision n° 2008-567 du 24 juillet 2008, rendue sur la loi relative aux contrats de partenariat, le Conseil constitutionnel avait estimé que l'article 72 de la Constitution n'habilitait le législateur à désigner une collectivité que pour organiser et non pour déterminer les modalités d'action commune de plusieurs collectivités . Compte tenu de ces incertitudes, le rapport Warsmann (39) a préféré suggérer de limiter les financements croisés, en faisant en sorte qu'un seul niveau de collectivité puisse participer au financement d'un projet conduit par une autre collectivité locale.

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(39) Op. cit.