L'établissement public administratif régional est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.
Le conseil d'administration et le directeur général sont assistés en matière pédagogique par un conseil consultatif de perfectionnement.
Le conseil régional de la Guadeloupe assure la tutelle de l'établissement public, notamment sur les plans pédagogique, administratif et financier.