Les décisions sont prises par un comité de direction comprenant :

Le directeur de FranceAgriMer ou son représentant, qui préside le comité ;

Un représentant du ministre chargé du budget ;

Un représentant du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture ;

Un représentant de chaque collectivité territoriale participant à la dotation, pour les décisions qui concernent les opérateurs agréés dans les ports situés sur son territoire.

Le comité se prononce à l'unanimité.

En aucun cas le montant total des engagements du fonds ne pourra excéder la somme de ses dotations augmentée des éventuels intérêts et commissions générés.

L'exécution des décisions et la gestion technique du fonds sont assurées par le directeur de FranceAgriMer, qui en rend compte au comité de direction.