La direction des affaires juridiques est responsable, au sein du ministère, de la justice militaire. A ce titre, elle est chargée de toutes les questions relatives à l'organisation, au budget, au fonctionnement et à l'administration de la justice militaire ainsi que de toutes les questions relatives au recrutement, à la formation, à la discipline et à la gestion du personnel d'active et de réserve de la justice militaire. Elle traite, pour le ministère, de toute question se rapportant au code de justice militaire.

Par délégation du ministre et dans la limite de ses compétences, le directeur des affaires juridiques donne des directives aux autorités militaires exerçant des attributions judiciaires ou habilitées à dénoncer les infractions ou à donner un avis préalable en matière de poursuites pénales ainsi qu'aux parquets militaires et signe les avis donnés aux juridictions compétentes en application du code de procédure pénale et du code de justice militaire.