Le ministre de la défense préside les conseils de la fonction militaire. Le chef d'état-major de chaque armée, le directeur général de la gendarmerie nationale, le délégué général pour l'armement, le directeur central du service de santé des armées et le directeur central du service des essences des armées en sont respectivement les vice-présidents. Ils en assurent la présidence effective à la demande du ministre.
Un compte rendu, établi par le secrétaire général à l'issue de chaque session, est transmis aux membres des conseils de la fonction militaire et aux personnalités qui y ont participé. Ce compte rendu, signé par le vice-président ou l'autorité déléguée, est contresigné par le secrétaire de session, membre du conseil, désigné pour chaque session par les membres du conseil.