La commission siège en formation disciplinaire pour donner un avis sur les sanctions proposées par le préfet, notamment dans les cas prévus par le décret du 15 juin 1994 susvisé. Elle est alors composée paritairement de membres de la deuxième formation et de membres permanents représentant les services déconcentrés de l'Etat. Le professionnel concerné par une sanction est invité à se faire entendre personnellement ou par son mandataire devant la commission.