L'Etablissement public du campus de Jussieu est administré par un conseil d'administration et dirigé par le président de ce conseil, assisté d'un directeur.
Il est doté d'un comité consultatif.

Le conseil d'administration comprend dix-sept membres :

• le président, nommé par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur pour une durée de trois ans ;
• le président de l'université Paris-VI ou son représentant ;
• le président de l'université Paris-VII ou son représentant ;
• le directeur de l'Institut de physique du Globe ou son représentant ;
• le directeur de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
• le directeur de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
• le directeur chargé de la programmation et du développement au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
• le directeur chargé des affaires financières au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
• le directeur du budget au ministère chargé de l'économie et des finances ou son représentant ;
• le directeur général chargé de la santé au ministère chargé de la santé ou son représentant ;
• le directeur général chargé de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction au ministère chargé de l'équipement, des transports et du logement ou son représentant ;
• le directeur de l'architecture et du patrimoine au ministère chargé de la culture ou son représentant ;
• le maire de Paris ou son représentant ;
• le président du conseil régional d'Ile-de-France ou son représentant ;
• le préfet de la région d'Ile-de-France, préfet de Paris, ou son représentant ;
• le recteur de l'académie de Paris, chancelier des universités, ou son représentant ;
• un représentant de l'Etablissement public de maîtrise d'ouvrage des travaux culturels.

Assistent aux séances du conseil, avec voix consultative, le directeur, le contrôleur financier, l'agent comptable de l'établissement, les directeurs de la recherche, de la technologie, des affaires juridiques au ministère chargé de l'enseignement supérieur et le directeur général du Centre national de la recherche scientifique, ainsi que toute personne dont le président souhaite recueillir l'avis.
Les fonctions de membre du conseil d'administration autres que celles du président ne sont pas rémunérées.

Le directeur est nommé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, après avis du président de l'établissement, pour une durée de trois années. Il assiste le président dans la direction générale de l'établissement et agit par délégation et sous l'autorité de celui-ci.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président. Il peut, en outre, être convoqué à la demande du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou à la demande conjointe des deux présidents d'université mentionnés à l'article 4 et du directeur de l'Institut de physique du Globe.
L'ordre du jour du conseil est fixé par le président. Il peut être complété à l'initiative de tout membre du conseil. Les demandes de complément à l'ordre du jour doivent être déposées au moins huit jours à l'avance auprès du président. Elles sont soumises au conseil si leur inscription à l'ordre du jour recueille l'approbation du quart au moins des membres présents.

Le conseil d'administration délibère valablement si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué dans un délai de huit jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de ses membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le comité consultatif de l'établissement comprend le président du conseil d'administration, le directeur de l'établissement, les présidents des universités mentionnés à l'article 4, le directeur de l'Institut de physique du Globe, des représentants des personnels et des usagers appartenant aux trois établissements concernés ainsi que des personnalités qualifiées en matière de réhabilitation de bâtiments, d'amiante, d'hygiène et de sécurité.
Un arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur détermine la composition et les modalités de désignation de ce comité.
Le comité consultatif est consulté sur le déroulement des travaux. Il se réunit à l'initiative du président du conseil d'administration, sur demande conjointe des chefs d'établissement mentionnés au premier alinéa ou sur demande de la moitié de ses membres.