L'attribution de l'indemnité de sujétions spéciales est subordonnée à l'exercice effectif des fonctions y ouvrant droit. Les bénéficiaires doivent consacrer au moins 50 % de leur temps de travail à l'exploitation agricole ou à la halle technologique.
Les personnels exerçant ces fonctions durant une partie de l'année ou à temps partiel bénéficient d'une fraction de l'indemnité de sujétions spéciales calculée au prorata de la durée d'exercice des fonctions y ouvrant droit.
En cas d'interruption dans l'exercice effectif des fonctions, le versement de l'indemnité est suspendu à partir du seizième jour d'interruption, sauf si celle-ci résulte de la participation à un stage de formation suivi à la demande de l'administration.