Le fonctionnaire en congé de formation-mobilité reste en position d'activité dans son corps d'origine. Le temps passé en congé de formation-mobilité est pris en compte tant pour l'ancienneté que pour le calcul du minimum de temps requis pour postuler une promotion de grade ou accéder à un corps hiérarchiquement supérieur.
Ce temps est également pris en compte pour la retraite et donne lieu aux retenues pour pension civile dans les conditions prévues à l'article L. 9 du code des pensions civiles et militaires de retraite.