La Commission nationale du débat public élabore son règlement intérieur. Ce règlement fixe les conditions de désignation du président des commissions particulières ainsi que les règles de fonctionnement communes à ces commissions.
Les crédits nécessaires à l'accomplissement des missions de la commission sont inscrits au budget du ministère de l'environnement. La commission a son siège au ministère de l'environnement.