Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie, du ministre chargé du budget, du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines et, en tant que de besoin, du ministre chargé des départements et territoires d'outre-mer fixe le taux de chacune des taxes créées au présent décret. Cet arrêté est pris après avis du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins.

Dans le cas de la taxe due par les armateurs, des taux différents peuvent être arrêtés pour chacun des comités régionaux et des comités locaux des pêches maritimes et des élevages marins en fonction de l'étendue de leurs activités et de la spécificité de leurs actions. La taxe due par chaque armateur est fonction des taux respectivement applicables au comité régional et au comité local dont dépend le port d'armement du navire.