Un conseil scientifique commun aux trois écoles est composé d'un président et de personnalités désignés en raison de leur compétence par le ministre chargé des télécommunications, après avis du ministre chargé de la recherche.

Le conseil scientifique évalue périodiquement les travaux réalisés dans les laboratoires de recherche des écoles. Il peut être consulté par un directeur d'école ou par l'administrateur général de l'institut sur toute question ayant trait au fonctionnement des laboratoires de recherche, aux formations doctorales et aux accords de coopération scientifique concernant l'école.

Le conseil scientifique propose à chacun des directeurs les orientations de la politique scientifique de son école.