Les instances du groupement comprennent notamment :

l'assemblée générale qui comprend un représentant de chacune des personnes morales membres du groupement ;

le conseil d'administration qui est composé de représentants de membres du groupement choisis par l'assemblée générale ;

le président du groupement est élu pour une durée renouvelable de trois ans par le conseil d'administration. Il préside l'assemblée générale et le conseil d'administration ;

le directeur qui prépare les travaux de l'assemblée générale et du conseil d'administration et en exécute les décisions.

Il est ordonnateur des recettes et des dépenses du groupement. Il a autorité sur tout le personnel exerçant au sein du groupement.

Les deux premières instances peuvent être confondues lorsque le nombre de membres est inférieur à 15.

Les personnes de droit public françaises, les entreprises nationales françaises et les personnes morales de droit privé françaises chargées de la gestion d'un service public doivent disposer ensemble de la majorité des voix dans les deux premières instances.

La nomination du directeur par le conseil d'administration du groupement est prononcée après avis du ministre chargé de l'environnement sur les candidats proposés par le conseil.