La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion effectuée selon les règles du droit public. Les dispositions du décret du 29 décembre 1962 susvisé sont applicables aux groupements d'intérêt public régis par le présent décret. L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

Toutefois, lorsque le groupement n'est pas majoritairement composé de personnes morales françaises de droit public, sa comptabilité et sa gestion peuvent être organisées selon les règles du droit privé.