A titre exceptionnel, les opérations de conversion interne ou de reprise d'établissements ou d'entreprises en difficulté peuvent bénéficier de la prime d'aménagement du territoire.

S'il s'agit d'une conversion interne, l'opération doit correspondre à une modification importante de la nature des productions ou des activités imposant un effort particulier d'investissement et de formation des personnels. L'effectif de l'établissement ou de l'entreprise concernée doit être au moins maintenu.

S'il s'agit de la reprise d'un établissement ou d'une entreprise en difficulté, le bénéfice de la prime ne peut être accordé qu'après examen du plan de reprise et de redressement et du plan de financement correspondant par le comité interministériel de restructuration industrielle. Les reprises effectuées par des personnes physiques ou morales contrôlant directement ou indirectement l'établissement ou l'entreprise en difficulté ne sont pas éligibles.

Dans les deux cas, les programmes doivent concerner au moins vingt emplois et correspondre à des investissements d'un montant de plus de 20 millions de francs hors taxes.