Les moyens affectés aux différents services exerçant les missions dévolues à l'agence sont transférés à l'Agence bibliographique de l'enseignement supérieur.

Jusqu'à la mise en place du conseil d'administration et l'installation de l'agent comptable, la gestion de l'agence est assurée par l'Ecole nationale supérieure des sciences de l'information et des bibliothèques.

Jusqu'à cette mise en place, les recettes et les dépenses relatives à l'agence sont individualisées au sein du budget de l'Ecole nationale supérieure des sciences de l'information et des bibliothèques ; le directeur de l'agence est ordonnateur secondaire du budget de l'Ecole nationale supérieure des sciences de l'information et des bibliothèques pour ce qui concerne l'agence.