La Commission supérieure des monuments historiques est présidée par le ministre chargé de la culture. En son absence, le directeur du patrimoine ou son représentant préside les sections, les sous-sections, la délégation permanente de la première sous-section et le comité des sections, à l'exception de la deuxième section qui est présidée par le directeur de l'architecture et de l'urbanisme ou son représentant.