La présidence de chaque section est assurée par l'inspecteur général des finances et, en son absence, par l'inspecteur général des affaires sociales (section F.S.E.), l'inspecteur général de l'administration (section Feder) ou l'inspecteur général de l'agriculture (section F.E.O.G.A., section Orientation).

Le secrétariat de la commission est assuré par le secrétariat général du comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne assisté en tant que de besoin par les fonctionnaires désignés par le ou les ministres chargés du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle (section F.S.E.), le ou les ministres chargés de l'intérieur, de l'aménagement du territoire et des collectivités locales (section Feder) et le ou les ministres chargés de l'agriculture et de la pêche (section F.E.O.G.A., section Orientation).