L'école est soumise au contrôle financier de l'Etat, institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Ce contrôle est assuré par un contrôleur financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget. Les modalités du contrôle sont définies par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et de l'enseignement supérieur.