La commission est assistée par des rapporteurs désignés parmi les auditeurs au Conseil d'Etat, les auditeurs à la Cour des comptes et les membres de l'inspection générale des affaires sociales. Ils sont nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de la sécurité sociale et de la santé, sur proposition respectivement du vice-président du Conseil d'Etat et du premier président de la Cour des comptes.