L'institut est dirigé par un directeur et administré par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil consultatif des enseignants.
Le directeur est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la santé, sur proposition du conseil d'administration, parmi les enseignants-chercheurs ou personnels assimilés, les enseignants et les chercheurs ou parmi les ingénieurs de l'établissement ayant fait acte de candidature.
Il est nommé pour trois ans. Son mandat est renouvelable une fois.

Le conseil d'administration est composé :
1° De membres de droit, à savoir :

• le directeur du centre hospitalier régional d'Ile-de-France, directeur général de l'Assistance publique des hôpitaux de Paris ou son représentant ;
• les présidents des universités et autres établissements publics de la région d'Ile-de-France cosignataires des conventions visées à l'article 1er ci-dessus ou leurs représentants ;
• le directeur des enseignements supérieurs au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
• le directeur général de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ou son représentant ;
• le directeur général de la santé au ministère chargé de la santé ou son représentant ;
• le directeur des hôpitaux au ministère chargé de la santé ou son représentant.

2° De deux membres nommés par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la santé parmi les personnalités compétentes dans les domaines de la santé publique.
3° De 20 membres élus :
Cinq représentants des professeurs des universités ou personnels assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
Cinq représentants des maîtres de conférences ou personnels assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
Un représentant des ingénieurs affectés à l'institut ou y intervenant au titre de la formation ou de la recherche ;
Trois représentants des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service de l'institut ;
Six représentants des étudiants.
L'élection se déroule selon les modalités prévues à l'article 8 ci-après.
Sont électeurs et éligibles :
a) Au titre des personnels d'enseignement et de recherche dans le collège correspondant à leur grade :

• des enseignants affectés à l'institut assurant un nombre minimal d'heures d'enseignement fixé par le règlement intérieur, entre le cinquième et la moitié des obligations statutaires de référence ;
• les autres personnels enseignants-chercheurs, enseignants, chargés d'enseignement et autres intervenants extérieurs assurant à l'institut au moins trente heures annuelles d'enseignement ;
• les chercheurs affectés à l'établissement ou mis à sa disposition et y assurant au moins un mi-temps ainsi que les enseignants-chercheurs y exerçant leur activité de recherche.

b) Les étudiants régulièrement inscrits dans l'établissement ;
c) Les personnels administratifs techniques ouvriers de service assurant dans l'établissement un service correspondant au moins à un mi-temps.
4° De membres cooptés par les trois premières catégories énumérées ci-dessus en tant que représentant des grands services publics, des professions de santé, des collectivités territoriales et, éventuellement, en tant que personnalités choisies en raison de leur compétence propre en matière de santé publique.
Le nombre de ces membres cooptés est fixé de telle sorte que l'addition de ce nombre et de celui des membres de droit soit égal à dix-sept.
Le règlement intérieur de l'établissement prévoit les modalités de la cooptation.

Les membres du conseil d'administration énumérés aux 2°, 3° et 4° de l'article 4 ci-dessus ont un mandat de quatre ans, à l'exception des représentants élus des étudiants, dont le mandat est de deux ans.
Le mandat des membres du conseil cesse de plein droit lorsque ceux-ci perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés.
En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, les membres du conseil sont remplacés, pour la durée du mandat restant à courir et si la vacance intervient six mois au moins avant le terme normal du mandat, dans les mêmes conditions que celles prévues à l'article 8 du présent décret.

Le président du conseil d'administration est élu par le conseil, au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, parmi les professeurs des universités, les maîtres de conférences, les autres enseignants et les personnalités désignées en raison de leur compétence appartenant au conseil.
Le mandat du président du conseil d'administration a la même durée que celui des membres non étudiants du conseil énumérés aux 2°, 3° et 4° de l'article 4 ci-dessus.
Le président convoque le conseil, en établit l'ordre du jour et le préside.
La convocation du conseil est de droit à la demande du directeur général de la santé, du directeur chargé de l'enseignement supérieur, du directeur de l'institut ou du tiers des membres du conseil. L'inscription d'une question à l'ordre du jour est également de droit à la demande du directeur de l'institut.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés. A défaut, il est procédé à une nouvelle convocation du conseil, qui peut délibérer sans condition de quorum sur toutes les questions qui étaient à l'ordre du jour de la première convocation.
Un membre empêché de se rendre au conseil peut donner une procuration à l'un quelconque des autres membres du conseil. Mais nul ne peut être porteur de plus de deux mandats.
Les délibérations du conseil sont acquises à la majorité absolue des suffrages exprimés dans tous les cas où il n'en est pas disposé autrement dans le présent décret.
Le directeur de l'institut, le secrétaire général et l'agent comptable assistent aux séances du conseil avec voix consultative.
Le conseil peut également inviter à assister à une séance avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile.
Sous réserve des dispositions de l'article 15, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires dans un délai de quinze jours suivant la réception des procès-verbaux par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, à moins que celui-ci n'en ait autorisé l'exécution immédiate. Dans ce délai, le ministre peut s'opposer à l'exécution d'une délibération et demander au conseil de délibérer à nouveau. Il peut procéder à l'annulation d'une délibération qui lui paraîtrait entachée d'irrégularité dans un délai d'un mois à compter de la date à laquelle il a signalé son opposition. Si aucune décision n'intervient dans ce délai, l'opposition est levée de plein droit.

Il est institué un conseil consultatif des enseignants dont font partie, de droit, tous les enseignants de l'établissement et qui comprend en outre des représentants des chercheurs et ingénieurs qui participent à l'enseignement. Ces représentants sont élus par les chercheurs et ingénieurs, en leur sein, selon les modalités fixées par le règlement intérieur. Le règlement intérieur fixe également le nombre des représentants des chercheurs et ingénieurs.

Il est institué un conseil scientifique, composé :
1° De trois membres de droit :

• le directeur de l'institut, président ;
• le directeur chargé de la recherche au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
• le directeur de la recherche au ministère chargé de la recherche ou son représentant.

2° Des membres élus :

• des représentants des professeurs des universités ou personnels assimilés en application de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
• des représentants de personnels titulaires d'une habilitation à diriger des recherches n'appartenant pas à la catégorie précédente ;
• des représentants des personnels pourvus d'un doctorat autre que d'université n'appartenant pas aux catégories précédentes ;
• des représentants des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
• des représentants des étudiants de troisième cycle de l'institut.

Les représentants des personnels et des étudiants sont élus au scrutin de liste à la représentation proportionnelle au plus fort reste, sans panachage mais avec possibilité de liste incomplète. Cependant, lorsque moins de trois sièges sont à pourvoir dans un collège, les représentants sont élus au scrutin majoritaire uninominal à deux tours. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au candidat de plus âgé.
3° D'un représentant du conseil scientifique de chaque université signataire des conventions visées à l'article 1 ci-dessus.
4° De membres cooptés par les trois premières catégories énumérées ci-dessus parmi les personnalités françaises ou étrangères ayant des travaux notoires dans le domaine de la santé publique.
Le règlement intérieur de l'établissement prévoit la répartition des différentes catégories et les modalités de cooptation. Toutefois :

• au sein du 2° ci-dessus, les professeurs ou assimilés doivent être en nombre au moins égal aux représentants des autres catégories ;
• les représentants des conseils scientifiques des universités sont élus selon une procédure déterminée par ces conseils.

Les articles 4, 3° dernier alinéa, les articles 5, 6, alinéas 1 à 9 du présent décret sont applicables au conseil scientifique.