L'institut est dirigé par un directeur et administré par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil consultatif des enseignants.
Le directeur est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la santé, sur proposition du conseil d'administration, parmi les enseignants-chercheurs ou personnels assimilés, les enseignants et les chercheurs ou parmi les ingénieurs de l'établissement ayant fait acte de candidature.
Il est nommé pour trois ans. Son mandat est renouvelable une fois.