L'institut est soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget. Les modalités du contrôle sont définies par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et de l'éducation nationale.