Les dépenses des unions régionales sont financées par la contribution instituée par l'article 9 de la loi du 4 janvier 1993 susvisée ainsi que, le cas échéant, par des subventions, dons, legs et concours financiers divers.
Toutefois, ni l'assemblée, ni le bureau, ni les sections, ni aucun des membres d'une union régionale ne peuvent solliciter ou accepter pour le compte de celle-ci des concours qui, par leur nature ou leur importance, seraient susceptibles de mettre en cause l'indépendance nécessaire à l'accomplissement des missions de l'union.

Les unions établissent annuellement un budget prévisionnel de leurs opérations de recettes et de dépenses.
Une commission de contrôle, composée de trois à six membres de l'assemblée n'ayant pas la qualité de membre du bureau, est élue chaque année par l'assemblée à bulletin secret. Elle élit son président en son sein.
L'assemblée doit adjoindre à cette commission un commissaire aux comptes exerçant sa mission dans les conditions fixées par la loi du 24 juillet 1966 susvisée sur les sociétés commerciales.
La commission de contrôle procède à toute époque aux contrôles et investigations comptables et financières. Elle présente à l'assemblée, lors de la séance annuelle consacrée à l'approbation des comptes, un rapport concernant la gestion de l'union et les comptes de l'exercice, et comportant un état détaillé des recettes et de leur origine.
Le budget, les comptes annuels et le rapport de la commission de contrôle sont communiqués au préfet de région.
Les unions régionales ne peuvent pas financer des opérations étrangères à leur mission.

Sont assujettis au versement de la contribution instituée par l'article 9 de la loi du 4 janvier 1993 susvisée les médecins en activité dans le cadre du régime conventionnel au 1er janvier de l'année.
La contribution est acquittée au plus tard le 15 mai pour l'année en cours auprès de l'organisme chargé du recouvrement de la cotisation personnelle d'allocations familiales.

Le produit de la contribution encaissé par les organismes chargés de son recouvrement et centralisé par l'agence centrale des organismes de sécurité sociale est réparti entre les unions régionales dans les conditions suivantes :
1° 40 p. 100 sont répartis à parts égales entre toutes les unions ;
2° 60 p. 100 sont répartis entre les unions, par arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale, au prorata du nombre de leurs électeurs constaté lors de la précédente élection.
Le versement aux unions intervient au plus tard le 15 août suivant la date d'exigibilité. Dans le même délai, les organismes chargés du recouvrement communiquent à l'union régionale la liste des médecins ayant acquitté leur contribution.