Chaque section comprend, en nombre égal, d'une part, des représentants des professeurs des universités et des personnels assimilés, d'autre part, des représentants des maîtres de conférences et des personnels assimilés.
L'exercice des fonctions de membre du Conseil national des universités est incompatible avec l'exercice simultané des fonctions de président d'université, de directeur d'un établissement public d'enseignement supérieur, de directeur d'un institut ou d'une école faisant partie d'une université au sens de l'article 33 de la loi du 26 janvier 1984 susvisée ou de membre du Comité national de la recherche scientifique.