Chaque centre de soins doit élaborer un projet thérapeutique qui fixe ses objectifs thérapeutiques et socio-éducatifs et, le cas échéant, ceux de ses sections ainsi que les modalités de réalisation de ces objectifs ; le projet détermine également les modalités d'évaluation des actions entreprises.
Le projet est établi pour une durée maximum de cinq ans. Il peut être révisé à l'initiative de l'organisme gestionnaire du centre ou sur demande du préfet.
Le projet ainsi que ses modifications éventuelles doivent être transmis au préfet pour accord.