La répartition des sièges entre la catégorie des équipages et salariés des entreprises de pêche maritime armant un ou plusieurs navires titulaires d'un rôle d'équipage de pêche, la catégorie des salariés des entreprises de pêche maritime à pied et la catégorie des salariés des entreprises d'élevages marins est fixée par arrêté du préfet de la région dans laquelle le comité a son siège sur la base des effectifs de ces catégories constatés par les listes électorales établies par application de l'article 4 de la loi du 2 mai 1991 susvisée.
La répartition des sièges, à l'intérieur de chacune de ces catégories, entre les différentes organisations syndicales ou professionnelles est effectuée à la représentation proportionnelle au plus fort reste en fonction des voies obtenues aux élections organisées dans les comités locaux, globalisées au niveau régional ou, à défaut, organisées à ce niveau.
Celles de ces organisations ayant obtenu un ou plusieurs sièges désignent leurs représentants.