L'assemblée règle par ses délibérations la vie du comité. Elle se réunit sur convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
L'assemblée est également convoquée soit à la demande du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, soit à la demande de la majorité de ses membres. L'ordre du jour de la réunion comporte alors prioritairement les questions pour lesquelles elle a été convoquée.
L'assemblée ne délibère valablement que si la moitié de ses membres est présente ou représentée. Si ce quorum n'est pas atteint, l'assemblée se réunit de droit dans un délai d'au moins deux semaines. Les décisions sont alors acquises à la majorité des membres présents ou représentés.
Le ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines est obligatoirement informé de toutes les réunions de l'assemblée, auxquelles il peut participer ou se faire représenter, et dont les délibérations lui sont transmises.